La persona estudiante que ingrese a la MAE, podrá desarrollar su tesis en alguno de los siguientes ejes de investigación, que cubren una amplia gama de aspectos de la agricultura ecológica, desde una perspectiva interdisciplinaria.
Diseño y manejo agroecológico de sistemas de producción agropecuarios y agroforestales
Sistemas agroalimentarios y transición agroecológica
Movimientos sociales y territoriales en la transición agroecológica
Resiliencia climática y agroecología
Evaluación integral de agroecosistemas y paisajes productivos
Innovación, tecnología y digitalización agroecológica
Diálogo de saberes en la agroecología